本发明公开了一种建立深色有隔内生真菌(Dark septate endophytes，DSE)和丛枝菌根真菌(Arbuscular mycorrhizal fungi，AMF)与植物共生体系的方法及其应用，主要侧重于双接种的可实施性和可操作性，选择透气性好的珍珠岩作为基质，添加改良霍格兰溶液作为营养，满足了DSE‑植物共生体系建立的营养生长需求。待DSE‑植物共生体形成后移栽至盛有AMF菌剂的灭菌土壤，添加改良霍格兰作为营养液，满足了DSE‑AMF‑植物共生体系建立与后期生长的营养需求。本发明具有高效、简洁、易操作、明确、有序等优点，可用于DSE‑植物、AMF‑植物、AMF‑DSE‑植物相互关系研究、DSE和AMF形态学方面的研究，疑似AMF、DSE菌株初步检测和DSE、AMF、DSE和AMF接种的应用。