本发明公开了一种基于组合导航技术的涌浪测量方法及系统，涉及精密测量领域，该方法包括测量预设持续时间段内的水面高度，并对测量的水面高度取平均值得到水面平均高度，同时获取位于水面的惯导传感器输出的速度和姿态信息；创建一个升沉滤波器；根据惯导传感器输出的姿态信息和加速度计原始观测值，对加速计速度增量输出值进行补偿；计算出当前时刻的速度；根据上一个历元的高程，以及当前历元和上一个历元的速度，计算得到当前历元结束后的高程，从而得到当前实际水面高度；基于当前实际水面高度和水面平均高度，计算得到当前涌浪值。本发明能够得到高精度、高采样率的涌浪数据。