本发明属于代谢组学技术领域，具体涉及一种基于代谢组学的复方苦参注射液抗肝癌机制研究方法。本发明采用核磁共振技术检测二乙基亚硝胺致肝癌大鼠及复方苦参注射液干预后的尿液代谢物，通过多元统计分析方法发现二乙基亚硝胺致肝癌的生物标志物，复方苦参注射液对上述生物标志物均有回调，以此来实现复方苦参注射液治疗肝癌机制的识别及高通量分析。本发明要解决现有药理学评价方法单一，不能系统、全面地评价中药作用机制的问题。通过对生物标志物进行通路分析，可更全面、高效、快速的从整体水平无偏向性的综合评价复方苦参注射液治疗肝癌作用机制，为中药代谢组学及作用机制的阐明提供示范性研究。