本发明公开了一种基于选相分闸的变压器铁芯消磁方法及系统，所述方法包括：接收分闸信号，并对所述分闸信号进行解析，判断所述分闸信号是否为非故障切除情况；判断所述分闸信号为非故障切除情况，将变压器的负荷侧断路器切除；同时断开变压器的电源侧其中任意两相断路器，并实时检测变压器电源侧三相电压；当监测的所述变压器电源侧三相电压满足预设关系条件时，监测所述变压器电源侧运行的第三相电压的幅值；当所述运行的第三相电压的幅值达到峰值时，断开所述第三相断路器，完成变压器铁芯消磁；所述方法及系统根据变压器三相间磁链特性，利用选相控制装置控制变压器分闸时序实现消磁，效果稳定且简单易实现，具有更好的实用价值。