本发明涉及一种用于H1N1亚型流感病毒遗传进化谱系鉴别的方法，属于流感病毒鉴别技术领域，其特征在于：包括针对H1N1亚型流感病毒4个遗传进化谱系鉴别引物的设计与筛选，荧光定量PCR鉴别质粒标准品的制备，以及荧光定量PCR方法的建立等步骤。在所建立的荧光定量PCR鉴别方法中，本发明利用4对鉴别引物，以不同拷贝数标准品的对数值为横坐标，以检测到的每个拷贝数所对应的Ct值为纵坐标，构建荧光定量PCR的标准曲线，同时检测待鉴定H1N1亚型流感病毒cDNA的Ct值是否处于标准曲线上，从而达到快速鉴别H1N1亚型流感病毒4个遗传进化谱系的目的，以此为H1N1亚型流感病毒的检验检疫、流行病学监测、优势流行谱系的筛查、疫苗种毒的选择等方面提供技术支撑。其简便快速、特异性强、敏感性高。