一种微生物燃料电池的粒子群最大功率跟踪方法，涉及一种燃料电池功率跟踪方法，所述方法包括以下过程：1）以双反应室微生物燃料电池作为控制对象，对象模型采用微生物燃料电池电化学模型，优化目标函数为燃料电池输出功率密度，该功率密度受阳极室和阴极室污水流量Qa和Qc控制，将两者作为控制变量，负载电阻Rex为扰动变量；2）在负载波动的情况下，基于粒子群算法的最大功率跟踪程序，实现最优化运算，依据计算结果调整阳极室和阴极室污水流量Qa和Qc，保证燃料电池维持最大输出功率；通过该方法能够在负荷变化情况下实现微生物燃料电池最大功率跟踪。