本发明涉及一种信号补偿校准方法及系统，属于信号处理技术领域。本发明首先将接收到的信号分成两路，第一路信号直接进行采样，得到第一采样信号，对第二路信号进行高通滤波后采样，得到第二采样信号，第二采样信号中滤除了正常信号，只保留有干扰信号；然后对第一采样信号进行相位补偿，使两路采样信号的相位相等；最后将相位补偿的后第一采样信号与第二采样信号进行求差处理，并根据差值确定补偿校准后的信号。通过上述过程，本发明能够滤除幅值最高的高频噪声，因此可以大幅度提高信号的采样精度。