本发明公开了一种复方非瑟酮微乳凝胶及其制备方法和应用。本发明首先提供了一种复方非瑟酮微乳凝胶，包括非瑟酮、复方非瑟酮微乳和复方非瑟酮微乳凝胶基质，所述非瑟酮、复方非瑟酮微乳和复方非瑟酮微乳凝胶基质的质量比为2.25～2.7：50～60：40～50。本发明利用天然提取物非瑟酮和山苍子油配伍使用，结合微乳凝胶制备技术，制备得到的复方非瑟酮微乳凝胶能够协同发挥非瑟酮和山苍子油的生物活性，对皮肤和黏膜无刺激性，稳定性好，具有显著的抑制皮肤氧化损伤和细胞凋亡、抑制黑色素形成；且该微乳凝胶的制备工艺简单、使用方便，因此，该非瑟酮微乳凝胶在制备具有美白抗衰老祛斑功效的护肤品中具有广泛的应用前景。