本发明公开了一种基于工程屏障多级时序阻控的治理酸性矿山废水方法，具体为：将酸性矿山废水处理场地沿废水流动方向分成6个区段，第一中和反应段、第一原地层段、第二中和反应段、第二原地层段、金属离子吸附段和最终监测段；在第一中和反应段中开挖槽体a，在第二中和反应段中开挖槽体b，在金属离子吸附段中开挖槽体c；在槽体a内填上装有回填土A的钢筋笼；在槽体b内填上装有回填土B的钢筋笼；在槽体c内填上回填土C。本发明的方法总体简单易行，能够中和酸性矿山废水，有效地去除其中多种重金属离子，同时维护成本低、在实际工程中具有可推广性，具有重要的工程意义和理论研究价值。