一种基于芯片的鞘气辅助纳升电喷雾质谱离子源系统及方法，涉及检测分析技术领域，包括：弹性石英毛细管、鞘气辅助装置、等内径镀铬金导电喷针、有机玻璃芯片系统。将弹性石英毛细管尖端进行刻蚀制得等内径锥形尖端，采用低温磁控溅射的方法在其表面镀铬金导电层，制得可导电的等内径毛细管喷针，将喷针与有机玻璃芯片配合使用，且该芯片集成了鞘气辅助模块和高电压加电模块。本发明的装置除具有结构简单，容易搭建，不需要高流速的载气，无需加热且离子化过程可在大气压下实现等优点外，实现了微升及纳升流速下的灵敏度高信号稳定的质谱检测，从而弥补了传统大流速电喷雾与常规纳升级电喷雾技术的覆盖薄弱区，完善了电喷雾技术的应用范围。