本发明公开了一种微结构异形芯光纤及其制备方法，光纤的纤芯是正方形、矩形或者多边形结构，光纤纤芯采用高纯石英或者GeO2掺杂材料。光纤的包层部分是多层毛细孔，其有效折射率低于光纤的纤芯。毛细孔之间的壁厚小于3μm，防止有光从纤芯里面外逸。通过将毛细管、方形芯棒、以及套管的组装，实现整体预制棒的制备。预制棒制备的过程需要在特殊的夹具上进行，并且保证制备环境的高度洁净，消除可能引入的杂志颗粒。预制棒的尺寸一般是几十毫米直径，拉成光纤后，光纤的截面是圆形，纤芯是方形结构。