本发明公开了一种非水溶型脂溶性营养素微胶囊及其制备方法，该制备方法包括：(1)变性淀粉与水溶性钙盐在水中混合反应，反应完成后抽滤洗涤，得到含钙变性淀粉，加水溶解制备得到含有含钙变性淀粉的水相；(2)将含有脂溶性营养素的芯材组分经过熔融或溶解成为油相，再与步骤(1)得到的水相进行混合、乳化得到乳化液；(3)向步骤(2)得到的乳化液中加入海藻酸钠，进行造粒，得到所述的非水溶型脂溶性营养素微胶囊。该脂溶性营养素微胶囊的壁材组分中不含有蛋白质类组分，而是以含钙变性淀粉作为壁材组分，然后采用海藻酸钠进行交联成膜，获得非水溶特性和较好的稳定性。