本发明提供了一种固定床折流板反应器及其在废水处理中的应用，属于污水处理技术领域，所述固定床折流板反应器包括连通的好氧室和厌氧室；所述好氧室和厌氧室通过孔洞连通；所述好氧室内的顶面上和底面上交错设置若干相互平行的倾斜折流板；所述厌氧室内的顶面上和底面上交错设置若干相互平行的垂直折流板；所述顶面上设置的垂直折流板与顶面垂直；所述底面上设置的垂直折流板与底面垂直；所述折流板上固定有碳纤维膜；所述好氧室设置进水口，所述厌氧室设置出水口和出泥口。本发明所述固定床折流板反应器能够有效降解养殖尾水中氮、磷等低浓度有机污染物。