本发明公开了一种药物调配用医疗器械安全清理装置及其清理方法，清理装置包括自下而上依次安装的移动支撑台、冲洗机构、消毒浸泡机构、进料罩壳，依次进行消毒和冲洗。本发明通过科学合理的结构设计，能够快速对医疗器械进行彻底消毒和高效冲洗，通过一体式结构设计，能够在器械消毒处理后快速进行冲洗，不仅操作简单，同时能够保证器械的清理效率和清洁程度，极大的降低了医务人员的工作强度，整个装置可以进行随意移动，解决了空间限制问题，适用范围更加广泛，具有良好的实用与推广价值。