本发明属于食品行业的水处理领域，特别涉及使用两碱法、离子交换法、膜过滤技术相结合的处理含溶解性小分子蛋白质的高盐食品废水的工艺方法。首先将待处理的废水收集到原水箱中，加入一定量的碳酸钠与废水中钙离子反应，并加入氢氧化钠调节pH。使用陶瓷膜处理加入两碱的废水以去除不溶颗粒物，陶瓷膜清液进入离子交换系统去除废水中的盐分。经过离子交换后的水体收集到纳滤进水箱，泵入纳滤系统进行小分子蛋白质的浓缩。纳滤系统为一级二段工艺，纳滤的产水可直接排放或回用，浓水回流到纳滤进水箱；通过纳滤系统的浓缩，浓水中的小分子蛋白浓度越来越高，最后收集充分浓缩后的纳滤浓水完成小分子蛋白的回收。