本发明公开了一种柴油超深度脱硫、脱芳烃方法，包括如下内容：在加氢反应条件下，原料油由上至下依次通过反应器内装有加氢催化剂的区域I、区域II、区域III和区域IV，与各区域内的催化剂及自下而上的氢气进行加氢反应，加氢反应产物由反应器底部流出；其中区域I、区域II和区域III的反应温度逐渐升高，区域IV的反应温度比区域III的反应温度低51~100℃。该方法通过不同催化剂的合理级配，以及调整与催化剂对应的工艺参数，用于柴油的加氢反应中，能够满足生产低硫、低芳烃柴油的需要。