本发明提供了一种燃料电池停车吹扫控制方法，包括：调整蓄电池的SOC值；当环境温度Tl高于零度时，直接结束停车吹扫处理；当环境温度Tl低于或等于零度时，则读取环境温度Tl，读取电堆及附件温度Th，设定电堆及附件冷却到的结冰温度T是零度。本发明一种燃料电池停车吹扫控制方法，当燃料电池车辆停车后，通过采集电堆及附件温度及环境温度，计算电堆及附件结冰温度，设定合理的停车吹扫定时时间，在避免电堆及附件内部积水结冰的同时，能够有效节省蓄电池内电量的消耗。