本发明涉及一种具有多孔结构磁性复合材料的制备方法及应用，所述磁性复合材料是以粒径为400-800 nm的多孔Fe纳米微球为核心提供磁性和吸附性能。通过静电自组装将粒径为10-60 nm的Ag及Au纳米粒子修饰到多孔Fe纳米微球表面形成多功能Fe@Ag和Fe@Au纳米复合材料为SERS基底。与传统磁性SERS基底相比较：此系列多功能纳米复合材料具有更高的饱和磁化强度和磁响应性；无需包裹多孔壳层及可得到多孔磁性材料；可以实现对目标分子的吸附、富集及分离；制备方法简单易操作且成本低廉；可以实现食品中中农药残留物福美双及污染物三聚氰胺的吸附、富集及检测。