本发明提供一种快中子反应堆全堆子通道几何建模方法及系统，所述方法包括：以第一预设坐标系为基准，计算出每一组件的中心棒束的中心坐标，将各组件的中心棒束的中心坐标以第一预设数据结构存储；以第二预设坐标系为基准，基于各组件的中心棒束的中心坐标，计算出各组件中每一棒束的中心坐标，将各棒束的中心坐标以第二预设数据结构存储；根据围成当前子通道的棒束的中心坐标计算当前子通道的中心坐标，将各子通道的中心坐标以第三预设数据结构存储。本发明的全堆子通道几何建模方法可以解决快堆堆芯结构复杂、相关位置坐标难以表示及热工流体大规模并行计算所需几何信息困难的问题。