本发明公开了一种快速切除空充于变压器死区故障的继电保护方法和装置，包括以下控制过程：变压器各侧断路器均处于分闸位置，某一侧电流从无流到有流且该侧断路器由分位到合位，则变压器处于从该侧空充的状态；变压器空充，开放死区保护T秒时间；变压器某非空充侧断路器处于分闸位置；该非空充侧三相电流中最大相电流大于有流整定值，或零序电流大于零序整定值，或负序电流大于负序整定值；当上述条件满足时，延时t1后启动变压器差动保护跳闸动作出口回路，跳开变压器各侧断路器，快速切除死区故障。本发明避免了变压器空充时涌流的影响，与变压器后备保护整定值、变压器类型以及故障类型无关，大大缩短了死区故障的切除时间。