本发明公开了一种用于协调控制水电机组一次调频与AGC的方法及系统，属于电力系统技术领域。本发明方法，包括：确定互联电网不同区域联络线中的输电功率变化，根据输电功率变化量确定水电机组的频率变化；根据水电机组的频率变化，确定水电机组调速系统的一次调频后的水电机组调速系统负荷频率响应系数；对水电机组调速系统的二次调频的调频功率预定值附加调频功率补正值，进行二次调频；确定二次调频的调频功率与一次调频的调频功率是否抵消，且二次调频结束后水电机组的频率频率偏差是否为0；对AGC功率闭环控制图变换，获取修正后的AGC功率闭环调节改进图，进行AGC控制。本发明避免了一次调频作用被二次功率调节所抵消引起的调节误差。