本发明公开了一种糠醛等抑制物耐受酵母工程菌株及其构建方法与应用，该糠醛等抑制物耐受酵母工程菌，命名为PYR，分类命名为酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae），于2019年6月14日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏号为CGMCC No.17930。该工程菌可应用于制备第二代生物燃料乙醇以及以木质纤维素水解液为原料的其它生物基化学品。本发明通过转录调控基因联合过表达构建酿酒酵母工程菌，为从基因表达层面改造酵母菌株提供了技术手段。