本发明公开了一种车辆扣费方法、装置、系统、设备及存储介质。该方法包括：获取车辆通行凭证信息和车辆通行信息，所述车辆通行凭证信息存储于车辆的通行凭证中，所述车辆通行信息由设置于道路沿线的门架采集并在各门架间共享；若根据所述车辆通行凭证信息和所述车辆通行信息确定所述车辆为反向通行，则存储所述车辆的反向通行记录；否则对所述车辆扣费并上传扣费记录。本发明通过判断通行车辆的行驶方向是否与获取信息的门架方向相符，若确定车辆为反向通行，则存储反向通行记录且不进行扣费，解决现有技术中容易出现车辆扣费错误的情况，减少因门架天线接收到反向过车车辆信息形成的误交易，实现收费道路准确扣费的效果。