本发明公开一种制作管花肉苁蓉‑柽柳一体苗的方法，该方法涉及了在柽柳枝条扦插的同时播种管花肉苁蓉种子，种子播种分层设计，将种子均匀播在下半层基质中，上半部分没有种子，可以保证早期柽柳根系发育的时候不受管花肉苁蓉种子接种的影响，能有效避免管花肉苁蓉接种的分布过于集中；通过对育苗基质中水分的精确控制，保证了根系的发育和扦插枝条成活，促进了管花肉苁蓉种子的萌发和接种；本发明涉及的方法具有易操作，易推广的特点，适合大田直接栽种柽柳‑管花肉苁蓉一体苗，也适合大众对阳台种植管花肉苁蓉和盆景的需求，利于市场化推广。