本发明提供了一种防止低温SCR催化剂失活的工艺系统及其控制方法。本发明通过测定SCR处理后的烟气的SO3含量以及氨含量，计算硫酸氢铵的理论凝结温度，并将该凝结温度与SCR处理后的烟气的温度进行对比，发出加热器加热量的调整信号，调整SCR入口烟气的温度处于安全与经济的最佳平衡区，以延长催化剂使用寿命，控制运行加热量；再在催化剂寿命初期降低运行温度，在寿命末期提高运行温度，以使初期减少的能耗抵消末期增加的能耗，从而使催化剂全寿命运行能耗没有显著增加。