本发明提供了一种深水围堰充填砂袋施工方法，涉及工程施工领域。深水围堰充填砂袋施工方法，包括如下步骤：将铺排船定位至第一预设位置；将驳船定位至靠近于所述铺排船的第二预设位置；将砂袋铺设于所述铺排船上，并将砂袋捆绑于所述铺排船上的滚筒上；将所述驳船中砂填充于所述砂袋的袋头中；转动所述滚动，将所述袋头按照预设线路沉放于水中；继续将所述驳船中的砂依次填充于所述砂袋的袋中以及袋尾中；将所述袋尾按照预设线路沉放于水中，以使所述砂袋设置于水中的第三预设位置。本发明提供的深水围堰充填砂袋施工方法，可以实现对砂袋的位置更加准确的定位，可以使得砂袋铺设在更精确的位置。