本发明涉及一种免疫层析检测的试剂卡孵化控制方法以及系统，该包括步骤：控制伺服电机使该伺服电机带动的转筒转动；控制第一传感器以第一设定频率检测孵化入口是否有试剂卡插入；在检测到试剂卡插入时，控制第一图像获取装置获取该试剂卡的检测信息；根据转筒的历史孵化管理信息，确定该孵化通道中的空闲通道以及临界分析通道，并确定该空闲通道以及临界分析通道在转筒上的分布位置；从该空闲通道和临界分析通道中，确定距离该孵化入口最近的孵化通道作为插入试剂卡的分配通道。本发明的方法和系统结合软件与硬件对多个孵化通道的试剂卡进行监控管理，可减少和优化试剂卡入栈时间，提高系统的检测效率。