本发明公开了一种异构云网络互通系统，包括：至少两个归属于不同厂商的云平台，每个云平台针对每个用户均部署有集中式网关，每个云平台的每个用户的每个虚拟机中均部署有代理模块，每个用户的各个虚拟机的代理模块形成相应用户对应的跨云覆盖网，集中式网关用于相应用户对应的跨云覆盖网的二、三层流量转发；代理模块包括依次连接的第一虚拟网卡、第一覆盖网隧道终端TEP、DVS单元、第二虚拟网卡、及与DVS单元连接的DFW单元。应用本发明实施例所提供的技术方案，通过代理模块和集中式网关，使得异构云的网络层架构相同，实现真正的网络互通，部署方式简单，降低了运维难度。本发明还公开了一种异构云网络互通方法，具有相应技术效果。