本发明提供一种基于垂直起降固定翼水陆两栖无人机的水下地形测量装置，包括水陆两栖无人机、GPS基准站、主操控设备和遥控设备，遥控设备、主操控设备与水陆两栖无人机进行无线通信连接，遥控设备和主操控设备用于在被测量水域岸上对水陆两栖无人机作业实施控制操作；水陆两栖无人机可在陆地或水面垂直起降，当进行水下测绘时可在水面航行；所述水陆两栖无人机上安装有测深仪和机载GPS流动站，其中机载GPS流动站配合GPS基准站用于获取平面坐标，测深仪用于水陆两栖无人机在水面航行时获取水深数据。本发明能够高效深入危险、复杂水域并开展作业，能够满足中小河流、湖库水下地形测量的需要。