本发明涉及水稻育种技术领域，具体公开了一种高异交率高配合力两用核不育系的选育方法，包括如下步骤：以具有不同遗传背景，且其中含有起码一个两系不育系的两个以上的亲本相互杂交；按单株收F2代种子；夏季北方相邻种植F2代和分期播种的恢复系，抽穗后根据异交率高、种子质量好等育种目标选优良不育单株割兜再生，冷灌繁殖，按单株收F3代种子；冬季南方种植F3，利用自然低温自然结实，当选不育起点温度低且可繁性好的单株，按株行收F4代种子；继续一年南北两代选育至不育系稳定，不育系所配杂交种进行品比，入选杂交种对应的不育系即为选育得到的高异交率高配合力两用核不育系。本发明的方法提高育成高异交率高配合力水稻的几率。