本发明公开了一种网骨架吹击PDMS制备阵列微圆孔柔性膜系统及方法，其中，该系统主要由吹击控制系统、网骨架夹具系统、在线观测系统、运动控制系统组成。吹击控制系统用于调节吹击网骨架的吹击气体速度；网骨架夹具系统用于保证在网骨架吹击过程中网骨架位置稳定；在线观测系统用于拍摄网骨架吹击过程中的实时图像，并根据实时图像判断是否存在封闭孔；运动控制系统用于实现吹击过程中的扫描轨迹和定位封闭孔所在区域位置，根据所在区域位置对封闭孔再次吹击，直至不存在封闭孔。该系统低成本、高效率，能够大批量制备阵列圆孔柔性膜。