本发明涉及脱硫废水处理领域，公开了一种脱硫废水的处理方法和处理系统，所述处理方法包括：(1)在氢氧化钠存在下，将脱硫废水进行软化澄清处理，得到软化澄清出水；(2)向中性软化澄清出水中加入硫酸钠并进行常温结晶，得到常温结晶出水；(3)向常温结晶出水中加入碳酸钠，得到硬度调控出水和碳酸钙；(4)将硬度调控出水进行纳滤分离处理；(5)将纳滤产水进行电渗析-反渗透耦合浓缩处理；(6)将膜浓缩浓水进行隔膜电解。本发明提供的处理方法可充分保护膜系统运行，可以避免额外碱性药剂的加入，实现系统内自足和整个处理过程的有效耦合。