本发明公开了一种运行控制方法、装置、存储介质及多联机系统，该方法包括：获取多联机系统的室外环境温度、目标温度和室内环境温度；多联机系统为复叠循环系统，包括：第一温度级循环系统和第二温度级循环系统；根据室外环境温度确定多联机系统的运行工况，包括：第一设定工况、第二设定工况和/或第三设定工况；在确定的运行工况下，根据目标温度确定多联机系统的运行模式，包括：第一设定模式、第二设定模式、第三设定模式、第四设定模式、和/或第五设定模式；在确定的运行模式下，根据室内环境温度控制多联机系统的运行过程。该方案，可以解决不能满足不同环境下用户的舒适性需求的问题，达到能够满足不同环境下用户的舒适性需求的效果。