本发明涉及一种基于关联算法的继电保护数据的完整性校核方法及系统，包括：根据获取的历史记录确定项目集合，并构建事务集；基于不同的属性信息，利用项目集合和事务集分别挖掘频繁项目集；根据频繁项目集中的多项频繁项目集确定关联规则，建立关联规则库；获取当前的继电保护数据，并根据预设的不完整记录确定策略确定不完整记录；按照确定的不完整记录的确定属性的属性值搜索所述关联规则库，以确定与所述不完整记录匹配的关联规则，并利用所述与不完整记录匹配的关联规则确定所述不完整记录的不确定属性的实际值。本发明使用推断值代替预置值，使得校验后的数据更符合大数据的关联关系，能够为基于继电保护大数据的研究提供数据支撑。