本发明涉及费托合成重质蜡处理领域，公开了分离费托合成重质蜡中催化剂的系统和方法。装置包括：原料罐、高梯度磁分离装置、冲洗管路、重质蜡中间罐、预涂原料罐、预涂过滤器、预涂废渣接收槽、浓液罐、转筒磁分离装置、废催化剂接收槽和焚烧炉；其中，转筒磁分离装置包括以下部分：设置有浓液入口、清液出口、废催化剂出口和加热保温结构的密闭箱体，设置在所述箱体内的可转动的密封转筒，固定在所述转筒内的第二磁体，和设置在所述废催化剂出口且与所述转筒表面接触的刮板。可以更好地实现费托合成重质蜡中合格蜡的回收。