本发明公开了一种岩溶水分层判别与地下水位观测方法，根据地下水监测仪器初步判断的岩溶水分层层位，定量监测勘探孔施工过程中每个回次进尺开始和结束时钻井液回水量数据；对岩芯进行线性溶蚀率统计，获取每单位米线性溶蚀率数据并绘制所述每单位米线性溶蚀率变化曲线，分段进行压水试验，对比每单位米漏失量数据变化曲线、每单位米线性溶蚀率变化曲线和每单位米透水率数据变化曲线，进行各曲线波形变化初步分析；当曲线波形变幅差异过大，提取地层透水性变化特征进行岩溶水层位分层判别；当曲线波形同趋势变化明显时直接进行岩溶水含水层分层判别。本发明提高了岩溶水分层水位观测的便捷性。