本发明公开一种基于现场可编程门阵列FPGA的电磁信号干扰检测系统及方法，该系统包括信号处理模块、载频计算模块、信号采集模块和信号判决模块。该方法的步骤包括：(1)将采集到的数组分割成多帧数据序列；(2)计算每帧数据序列的频谱序列；(3)获取多帧频谱序列的功率谱均值序列；(4)将功率谱均值序列分段，求出检验统计量；(5)计算第一门限值，判断有无电磁信号干扰；(6)利用载频公式计算待检测干扰信号的载频。本发明具有对超宽带信号进行检测，系统集成度高，能够检测出低能量干扰信号等优点。