本发明公开了一种有限容量的三相四桥臂变流器不平衡灵活补偿方法及装置，方法包括：根据系统三相相电压检测系统相电压相角；检测三相四桥臂变流器的不平衡负载电流及中线电流的工频负序分量有效值、负序相角以及工频零序分量的有效值、零序相角，并获取不平衡负载电流及中线电流工频零序分量相角和工频负序分量相角的夹角；获取在多种不平衡补偿目标对应的补偿电流边界值，并令三相四桥臂电压源变流器的额定电流有效值为不平衡灵活补偿策略的容量限幅值，根据补偿需求计算零序电流和负序电流指令系数，以得到零序电流和负序电流补偿量并进行补偿。该方法可以有效避免补偿装置过流，实现对不平衡电流中负序与零序分量的选择性补偿。