本发明涉及一种筛选方法，具体涉及一种疫苗菌株的筛选方法。本发明疫苗菌株的筛选方法包括以下步骤：待筛选菌株分离培养；鉴定待筛选菌株是否为所需种类的疫苗菌株，如果是，则进行后续操作；鉴定待筛选菌株的血清型；获取待筛选菌株的基因指纹；建立混合菌株感染模型，以获得最佳攻毒剂量以及攻毒后最佳分离待筛选菌株的时间；筛选优胜者菌株及最佳优胜者；将最佳优胜者中的各菌株按照相同的剂量制备灭活苗，进行免疫，保护效果最佳的菌株即为所需的疫苗菌株。本发明提供了一种高效的疫苗菌株筛选方法，该方法筛选时间短，易于操作，方便快捷，同时大幅度降低了成本，能达到快速筛选的目的。