本发明公开一种基于FPGA的PCR回波信号处理系统及方法，该系统包括数据采集模块、脉冲压缩模块、动目标滤波模块、动目标检测模块和恒虚警模块。该方法的步骤包括：(1)接收雷达回波信号；(2)回波信号进行预处理；(3)对预处理后的回波信号进行脉冲压缩；(4)生成多普勒频谱序列；(5)计算运动目标的速度；(6)滤除静止目标；(7)运动目标位置计算。本发明的系统具有易于开发、在高采样率的情况下正常工作的优点；本发明的方法具有测量不同长度回波信号中运动目标速度与位置的优点。