本发明公开了一种电子凭据应用控制方法，所述方法包括：接收开具方企业电子凭据申领申请信息；认证所述开具方企业资质后，将其申领申请信息对应的电子凭据下发至开具方企业，并记录下发信息；接收开具方企业电子凭据开具申请；根据所述开具申请完成电子凭据开具业务，并将已开具的电子凭据存储至数据库中；接收受票方的电子凭据报销申请，根据所述报销申请在数据库中调取对应的电子凭据，完成报销业务；所述方法及系统从源头监管发票的流转，数据加密保证数据传输安全性，发票无需打印出来，直接通过报销系统将发票提交审批，所述方法及系统实现开具环节和报销环节双双电子化，大大节约了资源，提高了效率。