本发明公开了一种基于通用中转服务对用户与应用进行对接的方法及系统，其中方法包括：业务终端向中转服务器提交用户对第三方应用进行访问的应用访问请求；由中转服务器对应用访问请求的访问模式进行判断，请求用户的请求基础参数；根据应用编码对用户的访问参数的配置需求，对用户的访问参数进行配置，生成用户的访问参数；经由中转服务器对用户的访问参数进行加密，将经过加密处理的用户的访问参数发送至第三方应用，以促使第三方应用对用户的访问参数进行验证；当用户的访问参数通过验证时，将第三方应用的授权结果和调用接口信息进行加密后经由中转服务器发送至业务终端的用户；业务终端基于第三方应用的调用接口信息对第三方应用进行访问。