本发明提供一种电子标签安全防护测试方法及测试系统。所述方法和系统将射频信号收发和数字信号收发进行融合，解决了目前电子标签射频协议测试设备无法支持安全防护测试，而电子标签安全防护测试设备不具备射频协议测试能力，无法定位解决安全防护故障的问题，有效地实现了一种仪器设备级别的安全防护测试。该测试系统支持外置加密模块，使得整个电子标签安全防护测试系统具有高度的灵活性和扩展性，可以针对不同的加解密算法配置不同的加密模块，利用共有的通用电子标签测试能力，实现对不同加解密算法的电子标签的安全防护测试。