本发明涉及一株高效生产苹果酸的黑曲霉基因工程菌株，所述黑曲霉基因工程菌株是敲除了柠檬酸转运蛋白基因cexA，并过表达了黑曲霉来源的葡萄糖转运蛋白基因mstC、己糖激酶基因hxkA、磷酸果糖激酶基因pfkA和丙酮酸激酶基因pkiA的黑曲霉基因工程菌株。本发明黑曲霉基因工程菌株生产苹果酸的效率显著提高，经发酵罐分批补料发酵第八天的产量达到195.72～210g/L，苹果酸对葡萄糖的转化率达到1.59～1.64mol/mol，发酵周期较出发菌株缩短一天，由原来的9天缩短至8天。为微生物发酵法制备苹果酸提供了优良菌种。