本发明提供猪肺炎支原体毒力因子NADH黄素氧化还原酶及其应用，属于生物技术领域。该猪肺炎支原体毒力因子NADH黄素氧化还原酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示，编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明首次发现了未知功能的猪肺炎支原体蛋白NADH黄素氧化还原酶的毒力因子功能，包括结合纤溶酶原及纤连酶原的能力，对猪支气管上皮细胞具有黏附能力，诱导宿主细胞的氧化应激、释放乳酸脱氢酶和凋亡，因此猪肺炎支原体蛋白NADH黄素氧化还原酶能够应用于制备猪支原体肺炎新型疫苗和药物。