本发明公开了一种电能表虚拟机的专用指令处理方法及系统，包括：获取按照预设的编码格式构建的基于寄存器设计的电能表专用指令集；利用电能表上的虚拟机对按照预设单位读取的指令的完整性进行判断；当读取的指令满足完整性要求时，根据所述电能表专用指令集对读取的指令的有效性进行判断；当读取的指令有效时，对读取的指令进行解析处理，并根据所述电能表专用指令集完成与读取的指令相应的操作。本发明通过规范化定义一套统一的指令集，并将电能表应用程序编译成该指令集的指令流，该指令流可以运行在所有实现该指令集虚拟机的处理器上，实现了电能表应用统一化，便于电能表的管理，实现了电能表应用升级的灵活性管理。