本发明公开了一种基于π‑π定向自组装的三维金超级粒子及制备以及其在SERS基底中的应用。该方法包括如下步骤：(1)将氯金酸溶液加入到HCl水溶液或NaOH水溶液中，然后加入小分子化合物，得到溶液I；其中小分子化合物为NMP，溴化盐和碘化盐中的至少一种；(2)将N‑(3‑脒基)‑苯胺溶于HCl水溶液或NaOH水溶液中，得到溶液II；(3)将溶液I和溶液II混合反应，得到基于π‑π定向自组装的三维金超级粒子。该金超级粒子具有三维结构特征，稳定性好，且展现出优异的表面增强拉曼散射增强性质，可将其作为SERS增强基底，实现单颗粒的高信号强度SERS检测和多种不同激光波长SERS检测。