一种用于电子封装的微搅拌摩擦焊接工艺，属于电子封装技术领域。本发明解决了现有的电子封装技术实现高密度化和无公害化效果不理想问题，以及现有搅拌摩擦焊接技术难以实现对微、小、薄结构的直接施焊的问题。首先，要焊接的第一焊盘与第二焊盘为一组焊盘组，当焊盘组呈单点布置时，在第一基板上预制加工出压入孔，并将焊盘组平行布置在第一基板与第二基板之间，将所述压入孔与焊盘组的中心位置对中布置，然后利用夹具压紧第一基板与第二基板，将搅拌头同轴对准在压入孔上方，控制搅拌头高速旋转并向下移动到压入孔内，进而压入第一焊盘中，在设定的压入量和保载时间下，实现第一焊盘和第二焊盘间的永久性冶金连接，最后控制搅拌头向上移出压入孔。