本发明公开提供了用于确定胎儿在孕早期患半侧颜面短小畸形概率的标志物组、方法和试剂盒的用途。本发明公开部分基于以下发现：相对于匹配的对照组，来自孕早期胎儿母亲外周血生物样品中的游离DNA上的生物标志物具有预测胎儿未来将发展为半侧颜面短小畸形的风险。本发明公开还基于以下重要发现：可以在确定胎儿患半侧颜面短小概率的方法中相对高灵敏度和高特异性使用这些生物标志物的一个或多个组合。本文所公开的测定一组生物标志物用作对测试样品分类、预测半侧颜面短小畸形发生概率、监控孕早期胎儿发育的组合物用途和方法。