本分案申请公开了一种用于检测四倍体长穗偃麦草1E染色体的引物对TTE1E-3及其应用。所述的引物对TTE1E-3为SEQ ID NO.35～36，采用该引物对以四倍体长穗偃麦草的基因组DNA为模板进行扩增得到了四倍体长穗偃麦草1E染色体特异序列，并在小麦及其近缘属物种中进行了验证。本分案申请开发的引物对不仅可用于四倍体长穗偃麦草1E染色体(或片段)的快速检测，而且可以准确地鉴别四倍体长穗偃麦草与二倍体、十倍体长穗偃麦草及其他近缘属物种染色体，这为小麦族系统进化、种质资源鉴定和分子标记辅助选择育种提供了重要途径。